中草药在我国有几千年的药用历史，早在公元前2世纪，我国人民就将中草药作为畜禽饲料添加剂用于防病促生长。西汉《淮南子·万毕术》中记载有麻盐肥豕法；东汉《神农本草经》中有：“桐叶饲猪，肥大三倍，且易养”的相关记载。中草药作为天然传统药物，富含蛋白质、多糖、生物碱、皂苷、氨基酸、维生素、有机酸等多种活性物质；具有纯天然、毒副作用小和药食同源等优点，而被广泛用于疾病防治、医疗保健等日常生活中。中草药大部分为植物源性药材，其有效成分较复杂且多存在于细胞胞浆中，受到植物细胞壁中纤维素、半纤维素和木质素等致密结构的阻碍，导致中草药活性成分难以提取、有效成分利用率低、药效不理想而造成资源浪费，在一定程度上制约了中草药发展。

发酵是微生物在有氧或无氧条件下进行生长繁殖产生代谢产物的过程。我国早在4000多年前就将发酵用于中药炮制，最早出现的发酵中药为曲类中药，如红曲、六神曲、建曲、半夏曲等。发酵中草药是在适当的温度、湿度、酸碱度和水分等条件下，利用微生物以中草药为底物进行发酵的过程，主要依靠微生物的转化作用及微生物和中草药的协同作用，来提高中草药有效成分含量，增强其药效或产生新的活性成分，以满足临床用药需求。利用微生物发酵中草药，可促进中草药活性物质的释放，降低中草药毒性和减少毒副作用，使中草药产生抑菌活性和新活性成分。

现代中草药发酵是在传统发酵技术的基础上建立起来的，传统发酵过程多凭经验，缺乏规范的工艺技术和指标，存在发酵过程不可控、容易污染杂菌、安全性和稳定性无法保证等问题，其发酵菌种更趋向于真菌单一发酵。现代中草药发酵更加多元化，不再局限于真菌发酵，增加到了细菌发酵和混菌发酵，如双菌口含片就是羊肚菌和产朊圆酵母混合发酵的滋补保养药物。现代发酵结合了微生物学、生物工程学及药物分析等多学科技术，在发酵过程中进行温度、湿度、酸碱度、菌种生长情况等发酵参数的实时监控，在很大程度上提升了发酵产品的质量与安全。随着科学技术的快速发展和分析技术体系的日渐完善，发酵中草药的定性定量分析及制剂药效稳定性提高具有了一定基础。在《生物产业发展“十一五”规划》中，科技部就已将微生物制造和发酵工程列入其中，中草药发酵技术为中草药的开发利用注入了新的发展动力，使其具有更广阔的发展前景和应用潜力。